水晶戴久了，或是使用水晶疗法，容易吸引负性能量，所以也要做水晶的净化喔！也有人称消磁法！可以恢复原来的磁场。一般来讲净化时间约1个月一次就可以了！如果是用来治病的话，每星期就要净化一次。还有，当水晶摸起来有粘腻感，就记得要赶快净化了！
日光净化法： 利用阳光直接照射，最好在早上到中午前左右的阳光是最适当，约2小时，如果不小心超过时间也没关系，但是一定要在日落前收回来。（紫晶和粉晶不宜！会褪色）
月光净化法： 听说最好用满月时晒比较好（利用日 , 月之阴阳离子消磁法最好，既可消磁，又可增强水晶能量）。
泡盐水： 要用海盐，也就是粗盐，用干净无污染的水去泡一晚，隔天再用干净的水冲干净，此法对于有金属或绳子的水晶来说，要少用，因为盐会侵蚀金属或绳子喔！干净的水可以选用一般的矿泉水或 RO 逆渗透或蒸馏水都可以。
亲近自然法： 出游时，将水晶放在溪水中让它接近大自然，补充能量。
埋入土中： 可以利用干净不会有污水流过的泥土，埋入约3－10天，因为土壤是具有生育的强力能力，而可以夺取毒素，并吹入巨大的能量；如果担心脏掉，可用植物纤维的布料予以包扎，再埋入土里。
埋入雪中： 这也可以，只要是干净的雪，在大自然中的雨 , 雪 , 光 , 溪水等等，都可以让水晶净化。
利用晶簇： 放在晶簇 , 晶洞中，利用品簇 , 晶洞释放之正磁场清除水晶的负能量，让它重新充电，放置时间约一晚左右即可。
天然水晶六角晶柱净化： 六角晶柱他的尖端部份气场特别强，可以使用四根六角晶柱来作净化，也属于很有效的净化方式之一。首先，将四根六角晶柱的尖端朝内摆，四根分别摆饰方位，分别如东西南北这样的摆置，中间的位置则放置要净化的水晶，如此摆置一晚就可以了。
植物精油共振： 采用与该水晶可以共振的植物精油，利用薰香瓶加热精油熏蒸（把水晶至于薰香瓶镂空盖上方 2 厘米 左右处）水晶 1 小时，这是非常好的重新赋予宝石能量的方法。
注意事项：
净化水晶的过程，虽然海盐效果奇佳，但正负能量一并消磁，海盐净化除必要性外尽量少用。比如用黑曜岩带右手常用来吸收身体排出的负能量 , 吸收病气，则用海盐净化比较合适；左手带黄水晶用来求财，则不该用海盐净化。
生病或情绪不佳时，会传递不佳的频率在水晶上，如果可以，最好暂时不戴水晶，当情绪好转或身体健康时赶快把水晶净化，免得较多的负能量与身体有过久的共振。
虽然有净化过，往家里某个位置一放，就经年累月不管了，常看到水晶上沾满了灰尘，甚而蜘蛛网，这中间若有过不愉快 , 吵架，保证频率会被水晶吸收且放大转换输出，本来偶尔吵架，买了水晶之后，变成常吵架，本来是应该善用水晶来改善家庭频率，水晶却变成负面的影响力，所以要每一个多月就净化一次。
家中的卧室应避免摆放水晶，除紫 , 白 , 粉三种水晶且尽量是呈水晶球或圆串珠，其余水晶不宜放在卧室。
